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应用笔记 | 基于 Opentrons Flex 的 Evotip 辅助 LC-MS 样品制备

随着蛋白质组学研究不断向临床样本、多组学整合和高通量分析方向发展，样品前处理环节逐渐成为影响实验效率、重复性和数据质量的关键因素。

在 LC-MS 蛋白质组学流程中，Evotip® 与 Evosep One® 系统的结合，为标准化肽段脱盐和上样提供了一种高效方案。酶解后的蛋白质可在 Evotip 中完成脱盐和储存，并通过 Evosep One 系统直接进入 LC-MS 分析流程，从而减少人工操作，提高样品处理通量。

本应用笔记展示了一套基于Opentrons Flex 自动化移液平台的 Evotip 辅助 LC-MS 样品制备流程，并通过 HeLa 蛋白酶解物、人源蛋白提取物以及人血浆样品等不同类型样本，对自动化方法的稳定性、重复性和应用能力进行了系统验证。

AUTOMATED WORKFLOW

01｜自动化Evotip上样流程：实现端到端样品处理

研究团队在 Opentrons Flex 平台上建立了 Evotip 自动化实验流程。

在自动化流程中，Flex 自动化工作站按照设定程序完成 Evotip 的平衡、样品加载和清洗步骤。通过分层“三明治”式方法设计，液体依次经过 Evotip，实现目标物捕获，同时在处理完成后保留适量溶剂，便于样品安全储存并直接用于后续 Evosep One 进样。

应用笔记 | 基于 Opentrons Flex 的 Evotip 辅助 LC-MS 样品制备配图2

该自动化方案减少了传统人工操作中的重复步骤，使 LC-MS 样品制备流程更加标准化，并支持批量样品处理。

EXPERIMENTAL DESIGN

02｜三组独立实验，验证自动化流程性能

01 HeLa蛋白酶解物验证自动化与手工方法一致性

研究首先采用 HeLa 蛋白酶解物作为标准样本，将 50 ng 样品分别通过人工方式和 Opentrons Flex 自动化方式加载至 Evotip，并进行 LC-MS 分析。

Flex 流程连续运行 3 次，每次处理 16 个 Evotips，共计 48 个 HeLa 样品。

结果显示：

Flex 自动化流程具有良好的批次间重复性；
三次独立运行均表现出稳定的数据一致性；
48 个自动化处理样品的数据结果与手工处理样品具有可比性。

应用笔记 | 基于 Opentrons Flex 的 Evotip 辅助 LC-MS 样品制备配图3

02 自动化样品处理提升蛋白鉴定能力

在第二组实验中，研究比较了人工处理与 Flex 自动化处理在人蛋白提取物酶解样品上的表现。

实验结果显示，与手工方法相比，自动化 Flex 流程获得了更多蛋白鉴定结果，表明自动化样品制备不仅能够保持稳定性，同时具备提升分析性能的潜力。

应用笔记 | 基于 Opentrons Flex 的 Evotip 辅助 LC-MS 样品制备配图4

03 血浆样本验证复杂样本处理能力

针对更具挑战性的临床相关样本，研究进一步将该自动化流程应用于人血浆样品。

通过自动化去除高丰度蛋白并结合 SP3 磁珠酶解流程，处理后的肽段通过 Flex 完成 Evotip 上样，并进入 LC-MS 分析。

结果显示：

经过高丰度蛋白去除后，蛋白鉴定数量提升约 2倍，证明该自动化方案能够支持复杂样本中的深度蛋白质组分析。

应用笔记 | 基于 Opentrons Flex 的 Evotip 辅助 LC-MS 样品制备配图5

LAB VALUE

03｜这套流程为实验室带来什么？

减少人工干预从 Evotip 预处理到样品上样和储存，可在 Flex 上连续完成

提高批次一致性　48 个样品、3 次独立运行验证了流程的稳定性

支持复杂样品适用于标准蛋白样本以及复杂人血浆样本等不同应用场景

兼顾通量与质量　自动化流程在保持可比性的同时获得更多蛋白鉴定

CONCLUSION

结语

蛋白质组学研究正在进入更高通量、更复杂样本和更高数据质量要求的新阶段。通过将 Opentrons Flex 自动化平台与 Evotip®-Evosep One® LC-MS 工作流结合，研究团队建立了一套稳定、可扩展的自动化样品制备方案。

该方案减少人工干预，提高实验重复性，并为未来高通量蛋白质组学研究和临床样本分析提供了新的自动化路径。

应用笔记 | 基于 Opentrons Flex 的 Evotip 辅助 LC-MS 样品制备

01｜自动化Evotip上样流程：实现端到端样品处理

02｜三组独立实验，验证自动化流程性能

03｜这套流程为实验室带来什么？

结语

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