面向生命科学研究人员的 9 个 COVID-19 检测资源

冠状病毒大流行为生命科学研究人员提供了前所未有的机会。以下 9 种资源可帮助您最大限度地利用这些机会。
冠状病毒大流行改变了生命科学的格局，消耗了近期的大部分研究机会。但它也为研究人员提供了前所未有的合作、创新和创造新知识的机会。

前所未有的机会带来了前所未有的资源——其中许多资源都是免费使用的。从 Slack 频道到 SOP，这里有 9 种工具可以帮助任何希望建立测试实验室、优化工作流程或以其他方式参与这个全球科学项目的研究人员。

全球 Slack 频道

来自全球各地的 13,000 多名研究人员参加了此次讨论，这是全球关于扩大 COVID-19 测试规模的最大讨论。它充满了协作讨论，涉及从排除 RNA 提取工作流程故障和确定供应商到克服样品和供应链物流以及向 FDA 申请紧急使用授权等所有方面。您也可以加入对话；只需单击上面的链接并发送电子邮件至 covid-19@opentrons.com 即可获得 24 小时邀请。

弹出式检测实验室蓝图

创新基因组学研究所 (IGI) 提供了有关如何建立 CLIA 认证的 SARS-CoV-2 检测实验室的详尽指南。IGI 是加州大学伯克利分校和加州大学旧金山分校的研究人员团队，他们组建了一支多元化、跨学科的团队，昼夜不停地工作了 3 周，以扩大湾区的冠状病毒检测规模。他们的指南包括从特定自动化工作流程和协议到人员培训和合规指南等各方面的提示。

学术合作诊断实验室的标准操作程序 (SOP)

克里克 COVID19 联盟提供了有关他们如何在学术环境中与外部合作伙伴一起创建诊断实验室的分步指南。克里克 COVID19 联盟与伦敦大学学院医院、卫生服务实验室 (HSL)、癌症研究所和弗朗西斯克里克研究所合作，在短短两周多的时间内创建了这一测试设置。他们的可下载指南涵盖了从实验室安全信息和 2 类样品灭活指南到 RNA 提取方案和制作自制缓冲液的所有内容。

临床研究测序测试平台

Broad Institute 开放了有关其针对 SARS-CoV-2 的临床研究测序平台 (CRSP) 的访问权限。Broad Institute 是麻省理工学院 (MIT) 和哈佛大学研究人员之间的合作，它使用他们的平台运行实时逆转录酶 (RT)-PCR 诊断检测。对于任何寻找测试设施的研究人员，Broad Institute 都开放了他们的设施。他们的说明包括标本收集和运输指南，以及针对患者和提供者的诊断测试和检测情况说明书的常见问题解答。

基因组工程工具

Synthego 为基因组学研究人员提供了一系列工具，以提高开发 COVID-19 诊断和治疗的速度和有效性。这些工具包括用于 RNA 收集的定制 Cas13 指南和针对与 SARS-CoV-2 蛋白相互作用的 330 个人类基因的多阵列 CRISPR sgRNA 基因敲除文库。他们的网站上有所有这些工具的链接，以及他们用于创建这些工具的已发布测试数据。

SwabSeq 测试概念验证

Octant 的 SwabSeq NGS 诊断工作流程概念验证。 Octant 是一家生物技术公司，使用专有技术结合合成生物学、基因组工程、下一代测序和计算工具，创建了一种协议来扩大基于 COVID19 序列的测试，该协议简​​单、便宜且灵敏。 它被称为 SwabSeq，他们的实验室笔记文档包括从协议和测试代码到数据图表和内部笔记本的所有内容。

大规模并行诊断测定概念验证

宾夕法尼亚州立大学合成生物学研究员 Howard Salis 的大规模并行 NGS 诊断测定概念验证。 Salis 发表了一份预印本，详细介绍了大规模并行诊断测定 (MPDA) 如何利用下一代测序在一次测定中同时进行数千次病毒 RNA 测量，并在每个工作流程中处理多达 19,200 个患者样本。他的预印本详细介绍了他的工作流程，结合了病毒 RNA 提取、使用具有独特条形码的患者特异性引物的逆转录酶 (RT) 以及单池聚合酶链反应 (PCR)，然后进行下一代测序 (NGS)。

移动测试实验室

OpenCell 的大量蓝图、协议和其他资源。OpenCell 是一家为生物技术初创公司提供移动、经济实惠的集装箱实验室空间的公司，在英国测试领域处于领先地位，正在迅速扩展高通量测试