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引用文章简介
2023 年 12 月 22 日，美国哥本哈根大学健康科学学院诺和诺德基金会蛋白质研究中心的 Jesper V. Olsen 教授在 bioRxiv 网站上发布了一篇预印文章《Fully automated workflow for integrated sample digestion and Evotip loading enabling highthroughput clinical proteomics》，并在其中提到他们使用了 Opentrons OT-2 自动化移液平台进行样品制备环节。他们凭借 OT-2 操作灵活、适用于大多数实验室、编程控制界面直观易懂以及节省实验成本的优势，在 Opentrons OT-2 自动化移液平台上设计了一种简单而高效的蛋白质组学样品制备工作流程，能够在 6 小时内处理多达 192 个样品。
文章摘要
蛋白质的鉴定和定量是生物标志物发现的重要工具。而随着现代质谱仪的灵敏度和速度的提高，样品制备仍然是分析大规模生物学群体时的瓶颈。为此，作者在 Opentrons OT-2 自动化移液平台上设计并评估了一种简单而高效的工作流程，以完全自动化的方式整合了样品消化、纯化和 Evotip 装载这三个环节，通过该工作流程可在 6 小时内处理高达 192 个样品。结果表明，这种高灵敏度的工作流程在低样品输入情况下仍能产生良好的可重复性和稳定性。该工作流程经过优化后，能够以最小的样品起始量为目标，实现降低样品制备所需试剂成本的降低，这在分析大规模生物学群体时至关重要。此外，在消化流程的基础上，作者引入了使用 Ti-IMAC 磁珠进行自动化磷酸肽富集的步骤，这样可以一步完成全自动的蛋白质组和磷蛋白质组的样品制备，并且始终保持工作流程的高灵敏度。通过实施这套整合后的工作流程，作者评估了癌症免疫疗法对转移性黑色素瘤患者血浆蛋白质组的影响。
图 A：Opentrons OT-2 自动化移液平台上集成工作流程的示意概览。
图 B：消化前 96 和 192 个样品的 OT-2 甲板布局。
图 C：不同温度和孵育时间下消化效率的比较。
在 OT-2 上运行全自动蛋白质组学样品制备工作流程，最初可在 6 小时内并行处理高达 96 个样品。这个流程里包含以下几个步骤：
1）在磁珠上进行蛋白质聚集捕获（PAC）
2）缓冲液交换和洗涤
3）室温（RT）中进行的磁珠蛋白酶消化
4）Evotip 加载
通过研究发现，室温下的过夜消化与 37°C 的消化效果相同，在两种条件下均实现了约 10% 的缺失切割位点（图 C）。而在较短的时间内，37°C 的消化效果则略优于室温，在 1 小时的最短时间内效果最明显。实验表明，在室温下进行 2-4 小时的短时间段消化是可行的，且与 37℃ 消化效率相比只有轻微的差别。
以上只是对该篇文献的部分内容概述，更多详尽的实验细节正等待您一览其详。访问 Opentrons 官方网站，在“资源”选项中进入“引用页面”即可轻松查阅。
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