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2019 年 03 月 04 日

开源在生物学中的力量 – DAMP 实验室的 10,000 美元生物工厂

一个强大的生物工厂不需要数百万美元的投资——经济实惠的开源工具让每个实验室都有可能实现这些功能。

DAMP 实验室是波士顿大学生物设计中心内一个初创的生物工厂。该实验室仅使用不到 10,000 美元的开源软件和硬件,就为科学界提供了 30 种合成生物学方案(如DNA组装、转化、测序和质粒纯化等),并以此收取服务费。任何科学家都可以通过访问 DAMP 实验室的网页界面远程指定实验计划,其自动化系统能够设计、构建和测试该计划。

他们是如何做到的呢?

通过整合一系列开源工具,DAMP实验室能够快速开发一个复杂的系统,该系统能够高效且优雅地自动化执行生物回路测试。其中一些关键的开源工具包括:

  • Cello 使用Verilog编程语言实现生物回路的自动化设计。
  • Aquarium 用于实验室信息管理系统(LIMS),实现作业排队和库存管理。
  • Opentrons 的OT-2移液机器人:用于自动化DNA组装、转化和其他许多方案。

您可以在 Synbiobeta 博客上了解更多关于 DAMP 实验室技术堆栈的信息。

为什么DAMP实验室的生物工厂和开源技术如此重要?

DAMP实验室在视频中谈到了开源技术和它赋予的能力。

该项目展示了开源软件和硬件在实验室中的力量。如果手动执行所有这些过程,DAMP实验室需要一周时间来设计、构建和测试10个基因回路。通过在开源技术上投入相对较少的资金,DAMP实验室的吞吐量提高了10倍。

结果就是,DAMP实验室能够用相同的设施和团队执行10倍的实验。开源工具提高了生产效率,大大降低了执行复杂实验的成本。

一个强大的生物工厂不需要数百万美元的投资——经济实惠的开源工具让每个实验室都有可能实现这些功能。

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