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2020 年 12 月 29 日

Opentrons客户访谈 | 动物健康实验室Prairie Diagnostic Services Inc的Anatoliy Trokhymchuk和Mengying Liu

本期客户访谈我们邀请到了动物健康实验室的Anatoliy Trokhymchuk和Mengying Liu,他们将为我们分享他们使用Opentrons OT-2自动化移液平台进行包括MALDI-TOF MS目标制备在内的质谱应用。

Anatoliy Trokhymchuk 是 Prairie Diagnostic Services Inc. (PDS) 的首席科学家,该公司是萨斯喀彻温大学 附属的地区动物健康实验室。 Mengying Liu 是 PDS 处理流程改进和自动化工作流程开发的自动化研究员。她的自动化开发案例之一就是使用 Opentrons OT-2 自动化移液平台进行质谱应用,包括MALDI-TOF MS目标制备。

Opentrons: 请介绍一下您的研究背景。

Mengying Liu: 我是 PDS 的研究助理。我在中国农业大学获得了兽医博士学位,然后来到萨斯喀彻温大学攻读兽医病理学硕士学位。我在一月底开始为 PDS 工作。我对计算机编程很感兴趣,并将其与实验室检测相结合,我很享受在 PDS 学习的时光。

Opentrons: 你们的研究项目是什么?

Anatoliy Trokhymchuk: 我是一名兽医,为一家地区性兽医诊断实验室工作,我日常工作需要与各种客户和项目打交道。有些项目,如监测测试和疫情应对,需要进行大规模的检测工作。我们在 PDS 有一群优秀的人才,我的工作是激励他们,并为他们提供工作必备工具的必要支撑。

Opentrons: 为什么您会选择OT-2

Anatoliy Trokhymchuk: 随着我们工作量的增加和诊断方法的日益改变,我们需要在实验室完成更多、更精确的常规、重复性任务,我们逐渐意识到自动化才是实验室未来的趋势。我们实验室已经有了很多不同类型的机器人,我们也正在快速学习如何使用 OT-2。在不久的将来,我们将会有更多基于基因组的快速诊断工作,而自动化是完成这些工作的重要组成部分。

我认为人类在实验室的主要目标是探索科学的边界,并不断尝试科学创新。– Mengying Liu

Opentrons: 你们使用OT-2做了哪些项目,它如何适应你们的工作流程?

Anatoliy Trokhymchuk: 目前 OT-2 在我们实验室有两个主要用处:一项是用于运行 Mengying 正在使用的自动化流程,另一项是作学习工具。我们正在学习如何优化协议和提高工作产出,以此扩大我们的业务。作为一个科研工具而言,我们非常喜欢 OT-2,但我们更它赋予的更大的探索价值:如何将更大的任务进行自动化并将其集成到我们的工作流程中?

Opentrons: 在实验室里,您的日常工作是怎样的?您会使用到哪些检测方法?

Mengying Liu: 我的日常工作是致力于不同实验室检测的自动化流程开发和运行,例如 MALDI 靶涂层。我们的系统使用一个与制造商无关的 96 点靶。我在我们实验室使用 OT-2 自动化移液平台创建了一个工作流程和协议。

在我们拥有 OT-2 之前,我们的操作员需要手动将基质滴加到 96 个孔中,做这个步骤时细菌样本已经取样到靶上了,这项工作其实很容易被机器人取代。此外,因为我们是诊断实验室,我们必须确保没有样本污染,所以操作员每次操作都需要更换吸头。OT-2 可以精确地处理到 0.1 mm 的移液,使我们能够不接触样品就滴加基质——我们整个靶只需要用到 8 个移液吸头,减少了塑料废物。

实验室不是一个整天在移液工作上浪费时间的地方,实验工作需要富有成效和创造力。 – Anatoliy Trokhymchuk

此外,我们设计的协议很容易设置。这就是我们使用 OT-2 的原因:技术娴熟的技术人员可以在 5 分钟内手动执行整套工作流程,OT-2也可以大致以同样的速度完成。但是 OT-2 的优势是不需要高度熟练的技术人员也可以执行同样的流程,这让技术人员可以腾出时间去做其他事情。我们正在努力在整个实验室标准化这一点。

我通过使用 Opentrons API 和自定义界面将 OT-2 链接到我们的 LIMS 系统以生成显示对照品和样品的板图,我可以将其导出为纯文本文件并上传为我的协议。这节省了很多时间,并且可以很方便地与实验室的其他工具集成。OT-2 使用起来很容易,因为我只需要在开始时校准机器人一次,每次可以执行多达 8 个板。我正在探索 OT-2 的其他应用,让它可以更轻松地投入到其他实验室的工作中。

OT-2 具有不同的集成潜力,因此当完成 MALDI 工作流程时,我会用它执行其他工作流程。

Opentrons: 在疫情之前,您的常规日常工作是什么?

Anatoliy Trokhymchuk: 我们现在在做的日常工作与疫情之前完全相同。然而,在疫情期间,我们需要在实验室戴口罩,并遵循公共卫生部门规定的所有预防措施。我们认为我们的服务是必不可少的,尽管我们不知道这里的疫情会发展到什么程度,也不知道我们的实验室是否会被要求提供检测支持,但我们的职能和工作没有改变。我们没有直接参与疫情应对,但我们在加拿大魁北克省地区的同行们将他们的动物卫生实验室用于新冠病毒检测。

Opentrons: 您有其他自动化项目的计划吗?

Anatoliy Trokhymchuk: 我希望看到我们实验室的所有自动化工具能够无缝地协同工作,然后我可以将很多常规的实验室任务交给机器人去执行,而我们技术人员则负责过程监督、控制和开发应用程序。实验室不是一个整天在移液工作上浪费时间的地方,实验工作需要富有成效和创造力。

Mengying Liu: 那也是我衷心期望希望看到的未来!我相信有一天所有这些重复性的工作都将被自动化取代。我认为人类在实验室的主要目标是探索科学的边界,并不断尝试科学创新。不是把时间消耗在重复性的工作,而是做更多实验创新等项目。

Opentrons: 关于OT-2的使用体验,您还有什么想分享给大家的?

Anatoliy Trokhymchuk: 关于实验的工作流程设计,我们需要学习的地方还有很多,不仅仅是自动化。这是一个循序渐进的过程。我们正在逐步学习,并且优先攻克主要项目。最终,将整个工作流程交给机器人平台是一个很好的想法,但我认为我们还离得很远。尽管如此,由于 Opentrons 独特的灵活性和开源特质,为我们提供了往全流程自动化迈进的机会。

Mengying Liu: 我真的很喜欢 OT-2 的灵活性。有些公司只设计用于 MALDI 的机器,但我们在 OT-2 上可以做很多不同的协议。

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