Flex应用专题 | 解锁蛋白质谱前处理自动化的无限潜能

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DNA 标记

一种同时分割 DNA 并用适配序列标记的技术，主要用于为下一代测序 (NGS) 高效制备 DNA 文库。该过程对于 DNA 测序、靶向研究、元基因组学和染色质分析（如 ATAC-seq）等工作流程至关重要。

哪些工作流程需要进行 DNA 标记？

DNA 标记的主要目的是为下一代测序快速高效地制备 DNA 文库。该过程简化了文库制备，减少了所需的时间和步骤，并能在测序过程中实现更均匀的覆盖。DNA 标记常用于各种工作流程，例如：

  1. DNA 测序，尤其是 NGS 工作流程。
  2. 对特定基因组区域感兴趣的定向测序研究。
  3. 对不同生物群落进行测序的元基因组研究。
  4. 染色质分析研究，如 ATAC-seq（利用测序进行转座酶可接触染色质的分析）。

DNA 标记从未如此简单

OT-2 是一款台面式液体工作站，设计方便灵活，可自动处理许多常见应用。

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DNA 标记的最佳方法

  1. Nextera DNA 文库制备： 这种商业方法由 Illumina 开发，使用特定的转座酶进行标记。
  2. ATAC-seq：这种方法将标记与测序相结合，以评估染色质的可及性。
  3. 定制转座酶系统： 一些研究小组已针对特定应用或生物体优化了转座酶酶和方案。

协议亮点

Opentrons 可帮助您使用 OT-2和 Opentrons Flex 的开源协议实现 DNA 标记自动化

DNA 标记为何如此困难？

  • 酶的敏感性： 转座酶对浓度、反应时间和温度等各种因素都很敏感。微小的偏差都可能导致标记过度或标记不足。
  • 优化： 要在测序过程中实现均匀的片段化和均匀的覆盖率，需要对标记条件进行仔细的优化。
  • DNA 质量： DNA 样品的纯度和完整性会影响标记的效率和结果。

用手动移液法进行 DNA 标记的主要挑战

  • 可重复性： 手动移液会造成酶和 DNA 浓度的变化，导致结果不一致。
  • 污染风险： 手动移液会增加样本间交叉污染的风险。
  • 效率： 同时制备多个样本会耗费大量人力和时间。

与手动移液相比，自动化 DNA 标记的优势：

  • 一致性和可重复性： 自动化系统可提供一致的产量，减少人为错误。
  • 吞吐量： 自动化系统可同时处理多个样本，大大缩短制备时间。
  • 降低污染风险：减少人工干预，降低交叉污染风险。
  • 优化： 可对自动化系统进行编程，以同时测试多个条件，从而帮助优化标记条件。

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欢迎联系我们，我们的专业应用科学家团队将帮助您确认自动化实验流程是否与您的需求适配。如果您有查看实验流程运行的需求，可与我们预约线上Demo，与专家团队深入讨论您的实验需求。

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