ターゲットシーケンスとハイスループットシーケンスの違い

ゲノミクスと分子生物学の急速な発展により、遺伝子シーケンス技術は、医学、農業、環境保護などの多くの分野で重要なツールになりました。多くのシーケンス技術の中で、ターゲットを絞ったシーケンスとハイスループットシーケンスがよく言及されていますが、2つの違いは何ですか？ Hechuangの編集者は、ターゲットを絞ったシーケンスとハイスループットシーケンスの違いを詳細に紹介し、アプリケーションをよりよく理解するのに役立ちます。

1。基本概念1。名前が示すように、ターゲットシーケンスは、ゲノムシーケンスを実行する際のターゲット領域または特定の遺伝子シーケンスのみに焦点を当てることを指します。ターゲットシーケンスは、特定のプローブまたはプライマーを使用して、関心のある領域のみを豊かにするため、シーケンスの感度と精度が向上します。このアプローチは、研究者が特定の遺伝子の突然変異または変異の分析にもっと集中するのに役立ちます。 2。ハイスループットシーケンス（HTS）は、多数のDNA分子を同時にシーケンスできる技術です。その特徴は、非常に並列処理機能が非常に高いため、一度に大規模なゲノムデータを取得できることです。従来のサンガーシーケンスと比較して、ハイスループットシーケンスはシーケンス速度を大幅に改善するだけでなく、シーケンスコストを大幅に削減し、ゲノム研究、臨床検査、その他の分野で広く使用されています。

2。技術原則の違い1。ターゲットシーケンスの原則ターゲットシーケンスのコアは、「ターゲティング」にあります。通常、研究者は最初に、疾患に関連する可能性のある、または特別な生物学的意義を持つ可能性のある関心のある1つ以上の遺伝子領域を選択します。これらの領域は、特定のプローブまたはプライマーを使用してキャプチャされ、キャプチャされたDNAフラグメントが配列決定されます。この方法は、高精度分析が必要な状況に適しており、ターゲット領域でバリエーション情報を正確に見つけることができます。 2。ハイスループットシーケンスの原理は、並列化を介して多数のDNAサンプルをシーケンスすることです。そのテクノロジーのコアは、DNAサンプルを小さなフラグメントに切り取り、複雑なアルゴリズムを介してこれらのフラグメントをスプライシングおよび整列させて、最終的に完全なゲノムシーケンスを取得することにあります。ハイスループットシーケンスは、全ゲノムシーケンス（WGS）に適しているだけでなく、トランスクリプトームシーケンス（RNA-seq）やメチル化シーケンスなどのさまざまなアプリケーションでも使用できます。利点は、大規模なデータを取得できることですが、ターゲット領域のシーケンス深度はターゲットシーケンスほど良くない場合があります。

3。異なるアプリケーションシナリオ1。ターゲットシーケンスは、主に特定の遺伝子、突然変異、または突然変異の詳細な分析を実施するために使用されます。たとえば、がん研究では、標的シーケンスは、研究者が既知のがん関連遺伝子に焦点を合わせ、腫瘍に関連する遺伝子変異を正確に特定するのに役立ち、それによってパーソナライズされた治療の基礎を提供します。臨床診断では、標的配列決定を使用して、遺伝的および感染症に関連するいくつかの特定の遺伝子を検出できます。 2.ハイスループットシーケンスの適用は、全ゲノムシーケンスに使用されることに加えて、遺伝子発現、バリアント検出、マイクロビオーム分析など、さまざまなゲノム研究もサポートできます。ハイスループットシーケンスは、大量のサンプルデータサポートを提供できるゲノムワイド関連研究（GWAS）など、大量のデータを必要とする研究シナリオに適しています。

4。シーケンスの深さとデータのボリューム1の違い1。ターゲットシーケンスの重要な特徴は、特定のターゲット領域でより高いシーケンス深度を取得できることです。特定の遺伝子または領域にのみ焦点を当てるため、ターゲットシーケンスは、ハイスループットシーケンスよりも、より正確なバリアント検出結果を提供できます。したがって、低周波の変動の検出において特に顕著であり、まれな変異の正確な分析に特に適しています。 2。対照的に、ハイスループットシーケンスのデータの量は非常に大きく、一度にゲノム全体のデータを生成できます。それにもかかわらず、そのシーケンスの深さは標的シーケンスほど高くないため、ゲノムのまれなバリアントを扱う場合は不十分な場合があります。ただし、ハイスループットシーケンスの利点は、大規模なゲノム分析に適した大規模なデータの幅広い用途と処理機能にあります。

5。コストと時間のコストの観点からの違い、ターゲットシーケンスは通常、ハイスループットシーケンスよりも安いです。ターゲットシーケンスは特定の領域の遺伝子配列のみに焦点を当てているため、サンプルサイズが小さく、データ処理量が少ないため、費用対効果が高くなります。ハイスループットシーケンスはより多くのサンプルとより多くのデータを処理できますが、ゲノムまたは大量の遺伝データを含むため、比較的高価です。時間の観点から、ターゲットシーケンスは通常、ハイスループットシーケンスよりも時間がかかりません。ターゲットシーケンスのプロセスは比較的集中しており、特定の領域に焦点を当てているため、その作業負荷は比較的少ないです。ハイスループットシーケンスには、特に全ゲノムシーケンスの場合、データを分析および処理するためにより多くの時間が必要です。膨大な量のデータが完了するのに時間がかかる場合があります。

ターゲットを絞ったシーケンスとハイスループットシーケンスは、技術原則、アプリケーションスコープ、シーケンスの深さ、データの量、コストに明らかな違いがあります。ターゲットシーケンスは、特定の領域または遺伝子の正確な分析に適していますが、ハイスループットシーケンスは大規模なゲノムデータ分析に適しています。どちらにも独自の利点と短所があり、さまざまな研究や臨床アプリケーションで重要な役割を果たしています。

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