Flex应用专题 | 解锁蛋白质谱前处理自动化的无限潜能
看詳情John Livesey 博士在加州薩克拉門託的太平洋大學擔任教授已有25年,他負責教導未來的藥劑師和藥物科學家內分泌生理學和癌症生物學,他的研究旨在增進對如何使用藥物劑治療人類疾病的理解。
今年早些時候,他引進了一位新的研究夥伴——Opentrons 的 OT-2 自動化移液平台。我們採訪了 John Livesey 博士,共同探討了 OT-2 如何幫助學生減少實驗操作的焦慮,使他們更專注於可能挽救生命的研究工作。
OPENTRONS: 能否請您分享一下您目前的研究內容?
DR. JOHN LIVESEY: 我的研究內容主要關於 EMT 的過程,這是一個與癌症轉移擴散緊密相關的生物學過程。在實驗中,我將細胞置於多孔板中,進行培養、藥物處理,並調整 pH 值和其他環境因素。透過細胞內 Western 過程,我測量了 EMT 過程中特定標記的表達。
OPENTRONS: 是什麼促使您將 OT-2 引入您的實驗室?
JOHN: 目前我知道許多學生在實驗操作方面經驗不足,也沒有太多時間練習,因此他們在進行液體處理和操作時通常會感到焦慮,擔心自己的操作不夠準確和到位。對一些學生來說,一個實驗需要耗費數週的努力,如果失敗了,他們就會失去一個學期的大部分時間。他們也了解我們的預算緊張,當他們面臨不得不丟棄96 孔板項目中某列或某行的實驗時,或者在實驗過程中如果不小心錯混了樣本或漏加了試劑,他們會擔心他們造成的失誤導致實驗成本無法負擔。
這時 Opentrons 自動化移液平台的出現,為這些問題提供了相對適中的解決方案。透過投資自動化,學生可以專注於藥理學:如何設定處理方法、如何處理細胞以及如何分析和解釋數據。 OT-2 可以在許多步驟中提供幫助,使學生擺脫實際的機械操作和相關的焦慮。
OPENTRONS: 您的 Opentrons 自動化移液平台運作順利嗎?
JOHN: 非常順利!開箱、設定和進行初始校準都很簡單。我在 5 月購買了 OT-2,最開始我以為需要學習編程,但我的第一次使用 OT-2 時恰逢 Protocol Designer 的發布和公開測試版發布,幾乎就在同一天。時機再好不過了!我沒有浪費大量時間學習 Python 或依賴 Opentrons 進行程式設計。
OPENTRONS: 能否詳細告訴我們您是如何使用 Protocol Designer 為 OT-2 編程的?
JOHN: Protocol Designer 的出現如同及時雨,大大解決了我們的困擾。我原本以為我們使用 OT-2 只需要開發幾個協議,然後進行一些微小的修改,重複使用它們。但事實上,雖然有時我也會重複使用協議,但我們幾乎總是需要對它們進行一些調整。 T
Protocol Designer 的出現如同及時雨,大大解決了我們的困擾。
就在昨天,我與一個本科生研究團隊合作。前一天晚上,我花了半個小時為他們正在進行的實驗制定了一個全新的協議。在第一次運行中途,我意識到我需要做出改變。我進入協議並對其進行了修改,供第二組學生當天晚些時候使用。這項功能可用且相當容易完成,這意味著您可以相對快速地糾正自己的錯誤。如果我必須透過 Python 變成,我就無法做到這一點。這使 OT-2 更加靈活和用戶友好。
Protocol Designer 的便利性使我們能夠相對迅速地糾正自己的錯誤。
OPENTRONS: OT-2 為您的學生提供了哪些其他便利?
JOHN: OT-2 無疑加快了他們進行實驗的頻率,增加了他們獲得研究成果作者身份的可能性。去年,一名研究型學生一個學期能完成兩到三個實驗就算幸運了。學生每週只有三到四個小時的時間工作,而單一實驗可能需要幾天甚至幾週來完成許多步驟:這種努力的速度永遠無法發表論文,甚至無法在論文的背面提及。
隨著設備應用提升的速度和生產力,我們將能夠匯集多個學生團隊的努力,在一個學期內完成大約10到15個實驗,並在更合理的時間框架內發表論文。
OT-2也是很好的教學工具。它使學生們能夠更全面地探索研究問題。我通常會給學生一個問題,讓他們透過研究來回答,而很少學生有足夠的時間和精力來提出一個答案。 OT-2 提供了一種寶貴的學習方式,讓學生擺脫移液焦慮,以便他們能夠參與這種更高層次的問題解決。
OPENTRONS: 關於您的 Opentrons 自動化移液平台您還有其他想要分享嗎?
JOHN: 其實專案的整個過程非常有趣。我們甚至給我們的 OT-2 起了一個名字,我們叫它 Pinocchio,因為如果它真的很好,也許它會成為一個真正的藥理學家。當然,控制它的電腦是 Geppetto。
學生們真的很想和它一起工作,而且他們也很適應它。在學年期間,我們有10名或更多的本科生和藥劑學博士生幾乎不停地使用它進行他們的研究計畫——幾乎爭搶著使用它。在夏天,我的高中實習生為細胞處理的單獨操作設計了他們自己的協議。通常,我們會手動完成這項工作。現在,基於與 OT-2 的這些互動,那名學生改變了理想,現在他想成為一名工程師。
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