紐約市幾乎沒有測試病毒變種。這可以改變嗎？

1月份的成長率遠低於一些專家建議的10%。 現在，官員們的目標是實施更強有力的計劃。

最近幾週，紐約市平均每天新增 5,000 多例新冠病毒病例。 圖片來源：James Estrin／The New York Times

在紐約市，儘管有許多大型醫院和研究機構，但上個月平均每天只有約 55 例冠狀病毒病例得到測序和篩檢更具傳染性的變種。

這僅佔該市新增病例的1%，這一比率遠低於一些專家所說的10%，因為在出現更具傳染性的變種（包括一些可能削弱現有病毒變種的情況）的情況下，需要了解紐約的流行病動態。疫苗導致英國、巴西和南非病例激增。

博士表示，到 2 月底，紐約市衛生官員希望制定更強有力的監測計劃，其中包括對約 10% 的新病毒病例進行基因組測序，即檢查遺傳物質是否存在突變。傑‧瓦爾瑪 (Jay Varma)，市政廳高級公共衛生顧問。

Varma 博士說，最近幾週平均每天新增病例超過 5,000 例，這可以很好地了解紐約存在哪些變種以及它們的擴散範圍。

但為達到這項基準所做的努力突顯出，在疫情爆發一年後，地方、州和聯邦官員在調動資源滿足公共衛生需求方面往往進展緩慢。

「試圖讓主要專注於人類基因組定序等專門針對癌症或其他疾病的實驗室將興趣轉向病原體研究有時需要付出努力，」他說。

對盡可能多的病毒樣本進行基因組測序的能力已經存在，分佈在城市各處，儘管它在很大程度上尚未開發。

紐約大學格羅斯曼醫學院的阿德里安娜·赫吉教授說：「每個機構都在做自己的事情。」他的團隊每週對大約96 個樣本進行測序，去年的研究幫助確定紐約的疫情是透過歐洲而不是中國傳播的。

據報道，在過去的幾周里，市政廳助手一直要求全市的一些研究科學家和實驗室主任承諾對比迄今為止更多的冠狀病毒樣本進行測序，並將結果上傳到線上資料庫。去採訪。週一，單一實驗室對 90 多個病例進行了測序，數量顯著增加。

「如果沒有整體架構，科學界就無法真正組織起來，」赫吉教授說。 “這座城市現在確實正在努力組織這次活動，這是正確的做法。”

直到最近，人們仍預計隨著疫苗接種的進行，冠狀病毒病例將會減少。但公共衛生專家和紐約大學的一個建模團隊表示，如果其中一種傳染性更強的變種開始在紐約市廣泛傳播，可能會引發新一波病例，從而掩蓋紐約仍在對抗的第二波病例。

目前尚不清楚紐約正走在哪條軌道上，或是走向哪條軌道，這很大程度上是因為缺乏基因組監測。新變種可能開始在紐約站穩腳跟，也可能不會：發現這一點只需要對足夠多的新病毒病例進行定期測序即可。

根據紐約市衛生部門提供的數據，其中一個變種首先在英國發現，被稱為 B.1.1.7，1 月在紐約市的 13 例病例中檢測到。據該部門稱，這些樣本是從該市 1,703 個樣本中鑑定出來的，這些樣本已於 1 月進行了測序。

應該對多少百分比的病毒病例進行測序仍是一個有爭議的問題。英國目前正在對高達 10% 的新病例進行測序，而幾週前美國的比例遠低於 1%。

「我認為，我們應該做到 10% 到 15%，」Heguy 教授說。

Varma 博士表示，該市 10% 的目標來自英國在快速識別該變種並追蹤其傳播方面的成功。

憑藉其主要的學術醫療中心和研究機構，紐約的定序機器數量遠遠多於檢查每個陽性病例的冠狀病毒基因組所需的數量（如果有人願意這樣做的話）。

「我們的機器可以處理數千或數十萬個數據，」曼哈頓下城紐約基因組中心實驗室的科學家內維爾·桑賈納博士說。 “所以容量並不是問題。”

奇怪的是，在一場可能感染了超過四分之一紐約人的疫情中，研究實驗室面臨的問題是取得樣本。在紐約，沒有大量的陽性病毒樣本從醫院或檢測點輸送到研究實驗室進行基因監測。

桑賈納博士說：「這實際上只是組織樣本收集，我認為這就是所缺少的。」他的研究涉及尋找哪些藥物可以透過抑制冠狀病毒劫持的人類基因來阻止感染。

科學家在訪談中表示，城市或其他實體所需要的是從根本上將目前的冠狀病毒檢測過程分開。每天，數以萬計的紐約人提供拭子樣本，這些樣本通常會被送到幾個大型實驗室進行檢測。如果這些實驗室可以留出一部分樣本，那麼如果結果呈陽性，這些部分稍後可以用於基因組定序。

「這是可以解決的，但需要資源和人員協調，」赫吉教授說道，她列出了必要的步驟： 需要保留一部分原始樣本；需要從中分離出RNA；有人需要將RNA 樣本運送到進行基因組測序的實驗室。

該市將定序範圍擴大至少十倍的目標將需要招募一系列大大小小的外部實驗室和研究計畫。該市預計，最大部分的基因組定序將在皇后區長島市的一個實驗室進行，該實驗室由一家小型機器人公司營運。

Opentrons 公司還在曼哈頓經營一個名為流行病應對實驗室的設施。該實驗室於去年建成，旨在幫助該市解決夏季出現的檢測危機，當時大型商業實驗室正在努力應對激增的病例量。人們必須等待幾天，有時甚至一兩週才能得到冠狀病毒檢測結果。該實驗室現在每天測試 20,000 個樣本。

Opentrons 聯合創始人 Will Canine 表示，快遞員會定期將流行病應對實驗室製備的 RNA 樣本運送到該公司位於皇后區的工廠，在那裡對樣本進行測序。

公司官員表​​示，實驗室的目標是在 2 月中旬之前每週對多達 2,000 個陽性樣本進行測序，每個測序樣本的費用將低於該市 75 美元。

此外，該市還鼓勵一系列其他機構，包括一些醫院、醫學院和研究機構，對更多樣本進行定序。

很少有地方能像紐約基因組中心一樣擁有如此大的容量，該中心經常使用數十台機器進行研究項目，這些項目可能涉及對許多人的基因組進行測序，以尋找某種疾病背後的特定基因。

鑑於人類基因組長約 10 萬倍，對冠狀病毒基因組進行定序是一項小得多的任務。

基因組中心的一位科學家邁克爾·佐迪表示，該中心正在努力克服障礙，例如獲取樣本以及如何為測序機快速準備大量樣本。

「目前，我們仍在積極嘗試擴大規模，」他說。

該市監控工作的第一個也是最令人驚訝的新增內容之一是洛克菲勒大學去年開設的日託中心，以使科學家能夠重返工作崗位。

該大學是曼哈頓上東區的一所生物醫學研究機構，其教職人員中有五位諾貝爾獎得主，一個世紀前就深入參與了 1918 年流感大流行的應對工作。因此，日託中心在科學研究中發揮作用也許並不令人意外。

那裡的科學家一直在研究一種高靈敏度唾液測試，這使得對經常拒絕鼻拭子的嬰兒和幼兒進行測試變得更加容易。最近，該大學已開始對陽性冠狀病毒病例進行定序，看看孩子是否可能感染了一種傳染性更強的變種。

在某種程度上，每天送來的嬰兒和幼兒已經成為整個城市的哨兵。

「我們才剛開始這樣做，」洛克菲勒大學的羅伯特·達內爾博士上週表示。 “到目前為止，我們已經對大約 15 個進行了測序。”

約瑟夫·戈德斯坦 (Joseph Goldstein) 負責紐約的醫療保健業務，此前他在地鐵服務台從事了多年的刑事司法和警方報告。 他也花了一年時間在《泰晤士報》喀布爾分社報道阿富汗問題。