Flex应用专题 | 解锁蛋白质谱前处理自动化的无限潜能
看詳情在今年iGEM盛會上,Opentrons 贊助了十支團隊,本期報告我們將展示紐約大學iGEM團隊的努力成果。他們的專案(透過尋找更可擴展的方式來製造類黃酮)既有野心又實用,既體現了 Opentrons 的開源精神,也符合 iGEM 利用合成生物學改變世界的原則。
類黃酮是一種天然存在於植物中的化合物,具有抗氧化劑、抗癌和抗發炎以及抗誘變的作用。這使得從製藥到化妝品再到紡織品等眾多行業對它們有廣泛的需求。
但由於萃取方法成本高且困難,目前市場上類黃酮的供應有限。植物生長週期長,且任何特定植物中類黃酮的濃度較低導致產量低。紐約大學想知道實驗室生產是否可以加快植物的代謝過程,如果是的話,是否可以提供更有效、可重複和可擴展的類黃酮提取方法。
於是團隊開始設計一種可複製、可擴展的工程大腸桿菌生產類黃酮的方法。他們的目標是透過代謝工程途徑來生產重組類黃酮,利用一種新型的光遺傳學方法,減少了對更傳統的化學誘導過程的依賴。
“我只用過另一種自動化移液平台,但 OT-2 實際上非常好用。它的表現非常出色。”
「我們的計劃是將NEB 生物實驗室的限制酶消化和連接協議整合在一起,使其完全自動化。」紐約大學校友和博士生候選人史蒂文·伊奧諾夫(Steven Ionov)說,他領導著一支由八名本科生組成的團隊。團隊成員知道提高實驗室效率將有助於實現他們的目標,因此他們打算將 Opentrons OT-2 移液機器人納入他們專案中最核心的程序:3A組裝協議的消化和連接。
他們的程序包括“在恆溫循環器中用 200 毫升管準備消化反應”,伊奧諾夫說。他和本科生尼爾潘迪亞斯學會如何使用 OT-2,而其他團隊成員設計了一個生物反應器,用綠光激活和生長細胞,減少了傳統上對化學誘導劑的依賴。
「我只用過另一種移液工作站,」伊奧諾夫說,「但OT-2實際上非常好用。它很出色。不僅學習Python 是一次了不起的經歷,而且校準的便利性和Opentrons實際編程材料的直觀性,都讓它的使用體驗非常好。
潘迪亞斯同意伊奧諾夫的熱情評價。 「與 Opentrons 合作對我們團隊來說非常令人興奮,」她說。 「機器人很容易校準;我們進行了一些試驗,依靠Opentrons 網站和API 進行指導。」除了將專案定制為使用300 毫升移液吸頭外,紐約大學iGEM 還輕鬆地將Opentrons 整合到他們現有的實驗室工作流程中,幾乎不需要進行額外的客製化。
儘管如此,紐約大學 iGEM 發現,僅僅憑藉熟練的技術操作無法克服協議挑戰。 3A 組裝連接不起作用,團隊花了很多時間進行故障排除:問題出在酵素、細胞還是協議本身?團隊對這些問題的故障排除過程進行了精心記錄,以確保未來團隊能夠減少錯誤並取得更多進展。
「這是我們第一年,」潘迪亞斯解釋。 「我們有一個學習曲線,就像每個第一年的iGEM團隊一樣。」考慮到這些問題和比賽的時間限制,紐約大學iGEM 被迫從原來的計劃轉向使用OT-2 進行採樣,而不是按原計劃準備消化反應。幸運的是,OT-2 也很好地完成了這項任務。大多數情況下。 「有一次只有一滴 EcoRI 而不是一微升,這會有一些差別,」伊奧諾夫說。 「我們在實驗台上也遇到了同樣的問題,」潘迪亞斯補充道。 “即使你用手持式移液槍進行採樣,也很難從移液管頭中取出這麼少量的粘性物質。我能理解為什麼自動化移液平台也有類似的問題。”
儘管在實驗室中遇到了挫折,但該計畫的整體規劃展現出長期的願景。因此,OT-2 的使用限制只是暫時的挫折,不會影響專案的長期發展。紐約大學 iGEM 對他們的領域有了更好的理解,同時也沒有削弱他們計畫的長期可行性。如今OT-2已成為他們實驗室中值得信賴的技術平台,幫助他們自動化運行實驗流程,未來,OT-2 將繼續為他們提供更多的自動化服務。
我們非常欣賞紐約大學的辛勤工作,並期待看到他們如何取得進展。
如果您對自動化是否適用於您的實驗室工作流程感到好奇,請與我們聯繫以進行免費諮詢。
經驗豐富的服務團隊和強大的生產支援團隊為客戶提供無憂的訂單服務。