Flex应用专题 | 解锁蛋白质谱前处理自动化的无限潜能

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HIT挑選[櫻桃挑選]

HIT挑選,通常稱為櫻桃挑選,是從大量樣本中精確選擇顯示出所需特徵的特定樣本或‘HIT’的過程。這在藥物發現、高通量篩選、基因組研究和蛋白質組學等工作流程中至關重要。

HIT挑選和櫻桃挑選本質上指的是相同的過程。兩個術語都描述了基於所需特徵從較大樣本集中選擇和分離特定樣本或‘HIT’的過程。這個過程在藥物發現、基因組研究和蛋白質組學等高通量工作流程中至關重要。

HIT挑選的規模帶來了挑戰,特別是在手動操作時,可能會出現人為錯誤、體力疲勞和處理速度慢的問題。為了減輕這些問題,建議自動化HIT挑選。自動化系統結合了機器人技術和液體處理設備,可以快速且準確地選擇‘HIT’,通常還包括條碼識別、溫控和資料管理軟體等功能。

HIT 選 Vs. 櫻桃挑選

術語‘HIT挑選’起源於從大規模篩選過程中選擇‘HIT’或陽性結果的實踐,通常是在識別潛在藥物候選者的背景下使用。 ‘HIT’這個術語具有隱喻意義,用以表示一個積極的結果,就像在靶向遊戲中命中目標一樣。

另一方面,『櫻桃挑選』這個術語從最初的背景(從樹上挑選最成熟或最理想的櫻桃)遷移過來。在科學研究中,櫻桃挑選指的是從較大的樣本集中仔細選擇最有前景或最合適的樣本進行進一步分析的實踐。

需要 HIT 挑選的工作流程HIT 挑選在以下工作流程中特別重要:1.  藥物發現:在高通量篩選過程中用於識別顯示出對感興趣標靶具有活性的有前景的化合物。2.  基因組研究:特別是在克隆文庫建構和篩選中,需要分離顯示期望表型或基因型的特定克隆。3.  蛋白質體學:用於辨識與目標分子相互作用或展示期望功能的‘HIT’蛋白質。

Cherrypicking从未如此简单

OT-2 是一款台面式液体工作站,设计方便灵活,可自动处理许多常见应用。

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HIT挑選的最佳方法1.  手動移液:此方法涉及使用移液器手動處理每個樣本。儘管這種方法精度高,但勞動強度大且耗時。2.  機器臂系統:這些系統可以自動化移液過程,提高通量並減少人為錯誤。3.  聲學分配:這是一種非接觸的方法,透過聲波轉移少量液體。它具有高度的精確性,並能處理大規模樣本庫。

協議亮點

Opentrons 利用適用於 OT-2 和 Opentrons Flex 的開源協議來幫助您實現櫻桃挑選自動化

為何 HIT 挑選如此困難?

櫻桃挑選因任務規模龐大且具挑戰性。在高通量工作流程中,可能需要篩選成千上萬甚至數百萬個樣本。手動選擇和處理‘HIT’可能非常繁瑣、耗時,並且容易出錯。

手動移液的HIT挑選主要面臨以下挑戰:

  1. 通量:手動移液無法匹配自動化系統的速度,因而不適合大規模專案。
  2. 錯誤:手動移液容易出現人為錯誤,如移液不準確、交叉污染或樣本辨識錯誤。
  3. 疲勞:重複的移液操作可能導致身體疲勞,從而進一步增加錯誤的風險。

如何實現 HIT 挑選流程的自動化

HIT挑選(櫻桃挑選)的自動化通常涉及將機器人系統與液體處理設備整合。這些系統可以根據預設標準快速且精確地挑選‘HIT’。它們通常包括樣本追蹤的條碼功能、用於樣本穩定性的溫控功能,以及用於資料管理和分析的軟體。

與手動相比,自動化處理HIT挑選的優勢

  1. 提高通量:自動化系統可以在顯著更短的時間內處理更大的樣本量。
  2. 減少錯誤:自動化最小化了人為錯誤,確保結果更加準確可靠。
  3. 重複性:自動化系統提供一致的操作效能,確保不同運作和操作人員之間的結果更具可重複性。
  4. 成本效益:儘管初期投資可能較高,但自動化系統透過降低勞動成本和提高效率,長期來看可以更具成本效益。

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