Flex应用专题 | 解锁蛋白质谱前处理自动化的无限潜能

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DNA 標記

一種同時分割 DNA 並以適配序列標記的技術，主要用於為次世代定序 (NGS) 高效製備 DNA 文庫。這個過程對於 DNA 定序、標靶研究、元基因組學和染色質分析（如 ATAC-seq）等工作流程至關重要。

哪些工作流程需要 DNA 標記？

DNA 標記的主要目的是為下一代定序快速且有效率地製備 DNA 文庫。此過程簡化了文庫製備，減少了所需的時間和步驟，並能在定序過程中實現更均勻的覆蓋。 DNA 標記常用於各種工作流程，例如：

  1. DNA 定序，尤其是 NGS 工作流程。
  2. 對特定基因組區域感興趣的定向定序研究。
  3. 對不同生物群落進行定序的元基因組研究。
  4. 染色質分析研究，如 ATAC-seq（利用定序進行轉座酶可接觸染色質的分析）。

DNA 标记从未如此简单

OT-2 是一款台面式液体工作站，设计方便灵活，可自动处理许多常见应用。

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DNA 標記的最佳方法

  1. Nextera DNA 文庫製備： 這種商業方法由 Illumina 開發，使用特定的轉座酶進行標記。
  2. ATAC-seq：這種方法將標記與定序結合，以評估染色質的可及性。
  3. 客製化轉座酶系統： 一些研究小組已針對特定應用或生物體優化了轉座酶酶和方案。

協議亮點

Opentrons 可協助您使用 OT-2和 Opentrons Flex 的開源協議實現 DNA 標記自動化

DNA 標記為何如此困難？

  • 酵素的敏感性： 轉座酶對濃度、反應時間和溫度等各種因素都很敏感。微小的偏差都可能導致標記過度或標記不足。
  • 最佳化： 要在定序過程中實現均勻的片段化和均勻的覆蓋率，需要對標記條件進行仔細的最佳化。
  • DNA 品質： DNA 樣本的純度和完整性會影響標記的效率和結果。

以手動移液法進行 DNA 標記的主要挑戰

  • 可重複性： 手動移液會造成酵素和 DNA 濃度的變化，導致結果不一致。
  • 污染風險： 手動移液會增加樣本間交叉污染的風險。
  • 效率： 同時製備多個樣本會耗費大量人力和時間。

與手動移液相比，自動化 DNA 標記的優勢：

  • 一致性與重複性： 自動化系統可提供一致的產量，減少人為錯誤。
  • 吞吐量： 自動化系統可同時處理多個樣本，大幅縮短製備時間。
  • 降低污染風險：減少人工幹預，降低交叉污染風險。
  • 最佳化： 可對自動化系統進行編程，同時測試多個條件，進而協助最佳化標記條件。

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歡迎聯絡我們，我們的專業應用科學家團隊將協助您確認自動化實驗流程是否與您的需求適配。如果您有查看實驗流程運作的需求，可與我們預約線上Demo，與專家團隊深入討論您的實驗需求。

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