生命科學研究人員的 9 個 COVID-19 檢測資源

冠狀病毒大流行為生命科學研究人員提供了前所未有的機會。以下 9 種資源可協助您最大限度地利用這些機會。冠狀病毒大流行改變了生命科學的格局，消耗了近期的大部分研究機會。但它也為研究人員提供了前所未有的合作、創新和創造新知識的機會。

前所未有的機會帶來了前所未有的資源——其中許多資源都是免費使用的。從 Slack 頻道到 SOP，這裡有 9 種工具可以幫助任何希望建立測試實驗室、優化工作流程或以其他方式參與這個全球科學計畫的研究人員。

全球 Slack 頻道

來自全球各地的 13,000 多名研究人員參加了此次討論，這是全球關於擴大 COVID-19 測試規模的最大討論。它充滿了協作討論，涉及從排除 RNA 提取工作流程故障和確定供應商到克服樣品和供應鏈物流以及向 FDA 申請緊急使用授權等所有方面。您也可以加入對話；只需點擊上面的連結並發送電子郵件至 covid-19@opentrons.com 即可獲得 24 小時邀請。

彈出式偵測實驗室藍圖

創新基因組學研究所 (IGI) 提供了有關如何建立 CLIA 認證的 SARS-CoV-2 檢測實驗室的詳盡指南。 IGI 是加州大學柏克萊分校和加州大學舊金山分校的研究人員團隊，他們組建了一支多元化、跨學科的團隊，晝夜不停地工作了 3 週，以擴大灣區的冠狀病毒檢測規模。他們的指南包括從特定自動化工作流程和協議到人員培訓和合規指南等各方面的提示。

學術合作診斷實驗室的標準作業程序 (SOP)

克里克 COVID19 聯盟提供了有關他們如何在學術環境中與外部合作夥伴一起創建診斷實驗室的逐步指南。克里克 COVID19 聯盟與倫敦大學學院醫院、健康服務實驗室 (HSL)、癌症研究所和弗朗西斯克里克研究所合作，在短短兩週多的時間內創建了這項測試設定。他們的可下載指南涵蓋了從實驗室安全資訊和 2 類樣本滅活指南到 RNA 萃取方案和製作自製緩衝液的所有內容。

臨床研究定序測試平台

Broad Institute 開放了有關其針對 SARS-CoV-2 的臨床研究定序平台 (CRSP) 的存取權限。 Broad Institute 是麻省理工學院 (MIT) 和哈佛大學研究人員之間的合作，它使用他們的平台運行即時逆轉錄酶 (RT)-PCR 診斷檢測。對於任何尋找測試設施的研究人員，Broad Institute 都開放了他們的設施。他們的說明包括標本收集和運輸指南，以及針對患者和提供者的診斷測試和檢測情況說明書的常見問題解答。

基因組工程工具

Synthego 為基因組學研究人員提供了一系列工具，以提高 COVID-19 診斷和治療的速度和有效性。這些工具包括用於 RNA 收集的客製化 Cas13 指南和針對與 SARS-CoV-2 蛋白相互作用的 330 個人類基因的多陣列 CRISPR sgRNA 基因敲除文庫。他們的網站上有所有這些工具的鏈接，以及他們用於創建這些工具的已發布測試數據。

SwabSeq 測試概念驗證

Octant 的 SwabSeq NGS 診斷工作流程概念驗證。 Octant 是一家生物技術公司，使用專有技術結合合成生物學、基因組工程、下一代定序和計算工具，創建了一種協議來擴大基於 COVID19 序列的測試，該協議簡單、便宜且靈敏。 它被稱為 SwabSeq，他們的實驗室筆記文件包括從協議和測試程式碼到資料圖表和內部筆記本的所有內容。

大規模平行診斷測定概念驗證

賓州州立大學合成生物學研究員 Howard Salis 的大規模平行 NGS 診斷測定概念驗證。 Salis 發表了一份預印本，詳細介紹了大規模平行診斷測定(MPDA) 如何利用次世代定序在一次測定中同時進行數千次病毒RNA 測量，並在每個工作流程中處理多達19,200 個患者樣本。他的預印本詳細介紹了他的工作流程，結合了病毒RNA 提取、使用具有獨特條碼的患者特異性引子的逆轉錄酶(RT) 以及單池聚合酶鏈反應(PCR)，然後進行下一代測序(NGS)。

行動測試實驗室

OpenCell 的大量藍圖、協定和其他資源。 OpenCell 是一家為生物技術新創公司提供移動、經濟實惠的貨櫃實驗室空間的公司，在英國測試領域處於領先地位，正在迅速擴展高通量測試